Le lac de Montcortès fait partie du Plan d’espaces d’intérêt naturel de Catalogne. L’importance biogéographique de l’endroit provient principalement de la richesse de la végétation hygrophile à Montcortès, qui comprend des sections de roseaux et de joncs offrant des aliments et un refuge aux oiseaux migrateurs ou sédentaires.
La vida en el lago no son sólo vertebrados: aves, serpientes, peces, ranas y salamandras. Las larvas de muchos insectos y una gran diversidad de otros pequeños invertebrados forman la base del complejo sistema vivo del que dependen los animales de mayor tamaño.
Una parte muy importante de la vida en el lago, la fundamental, la forman los organismos planctónicos, la mayoría de ellos invisibles a simple vista porque son microscópicos.
En el año 1948 Ramon Margalef tomó unas muestras de agua y estudió la composición de especies planctónicas, publicando los resultados en 1950 en el volumen 2, tomo XLVIII, del Boletín de la Real Sociedad Española de Historia Natural. Dibujo que aparece en dicho artículo.
El único pez históricamente documentado que vivía antiguamente en el lago es la anguila, que regresaba de su larga migración desde el mar por el río Flamicell. Todos los peces actuales han sido introducidos en el lago: la carpa, que se reproduce en el mismo, y la trucha, criada en granjas, que se echa al agua para satisfacer la pesca deportiva y que no se reproduce en Montcortès.